Schäle den Kürbis (falls nicht Hokkaido), entkerne ihn und schneide ihn in kleine Würfel. Koche die Kürbiswürfel in leicht gesalzenem Wasser, bis sie weich sind. Lass sie abkühlen und püriere sie fein.
Vermische Mehl, Eier, Kürbispüree, Wasser, Salz und eine Prise Muskatnuss zu einem glatten Teig. Lass den Teig 10 Minuten ruhen.
Erhitze reichlich Salzwasser in einem großen Topf. Schiebe den Spätzleteig durch einen Spätzlehobel 🛒 direkt ins kochende Wasser. Lass die Spätzle kurz kochen, bis sie an der Oberfläche schwimmen, dann schöpfe sie ab und schrecke sie mit kaltem Wasser ab. Schäle die Zwiebeln und schneide sie in dünne Ringe. Erhitze in einer Pfanne 1 EL Butter. Gib die Zwiebeln hinein und lass sie 5 Minuten braten. Streue dann den Zucker darüber und lass die Zwiebeln bei geringer Hitze karamellisieren. Rühre gelegentlich um, damit sie nicht anbrennen. Nimm die Zwiebeln aus der Pfanne und stelle sie beiseite.
Schichte die Spätzle, den Käse und die Hälfte der karamellisierten Zwiebeln abwechselnd in eine eingefettete Auflaufform.
Backe die Kürbis-Käsespätzle für ca. 10 Minuten bei 180 °C (Ober-/Unterhitze) im Ofen, bis der Käse geschmolzen ist.
Würze die Spätzle zum Schluss mit Pfeffer, Salz und Thymian. Verteile die restlichen karamellisierten Zwiebeln oben darauf.
Garniere vor dem Servieren mit gehackter Petersilie.
