Heize den Backofen auf 180 °C Ober-/Unterhitze vor.
Schneide die Brezeln in mundgerechte Stücke. Erwärme Milch und Gemüsebrühe leicht und übergieße die Brezelstücke damit. Lass sie etwa 10 Minuten einweichen.
Putze währenddessen die Pfifferlinge: Entferne groben Schmutz und wasche sie ggf., indem du sie in etwas Wasser kurz schüttelst. Trockne sie auf einem Tuch ab.
Erhitze das Öl in einer Pfanne und brate die Pilze darin kräftig an, bis sie leicht geröstet sind sind. Würze sie mit Salz und Pfeffer, nimm sie heraus und stelle sie beiseite.
Schäle die Zwiebel, würfle sie fein und schwitze sie in der gleichen Pfanne in etwas Butter glasig an.
Verquirle die Eier mit Crème fraîche, etwas Salz, Pfeffer, einer Prise Muskat und etwas frischem Thymian.
Hebe Pfifferlinge, Zwiebelwürfel und die Eiermischung unter die eingeweichten Brezeln.
Fette eine Auflaufform ein und fülle die Masse hinein. Streue den Käse darüber.
Backe den Auflauf für etwa 30 Minuten, bis die Oberfläche goldbraun ist. Bestreue ihn nach Bedarf mit Schnittlauchröllchen.